段祺瑞讨伐南方，武力统一的政策行不通，又受直系的反对，湖南情势又突变，他只能出之辞职一途了。当他辞呈尚未提出时，江苏督军李纯又来电建议总理不兼陆军总长、解散临时参议院、派唐绍仪为北方议和总代表、迅速召开南北和议。
　　11月16日段被迫提出辞呈，同时发出“正密”铣电痛论北洋派团结的必要，以及自己不得不辞职的苦衷，电云：
　　“祺瑞自五月罢职以后，久已厌绝人事，闭门谢客，国变再出，大违初衷。就任以来，赖诸君子群策群力，共济艰难，私冀发挥我北洋同袍之实力，统一国家，奠宁宇内，庶几人民得以安堵，法治乃能设施。此次西南之役，……迭经阁议，询谋无间，既非私心自用，又非黩武佳兵，耿耿此心，可对同志。（指北洋同志）……乃奸人煽惑，军无斗志，删日王汝贤、范国璋等通电传来，阅之痛惜。不意我同袍中，竞有此不顾大局之人，干纪祸国，至于此极也。……今日中国，盗贼盈途，奸人恣肆，纲纪日夷，习俗日敝，所谓护法护国，有名无实，徒供欺诈者诪张为幻之具。……环顾国内，惟有我北方军人实力，可以护法护国。果能一心同德，何国不成，何力不就。辛亥癸丑之间，我北方军人，人数不及今日三之一，地利不及今日三之一，所以能统一国家者，心志一而是非明也。近来南方党徒，亦知我北方军人，宗旨正大，根底盘深，非彼西南势力所能兼并，乃别出阴谋，一曰利用，二曰离间，三曰诱饵，昌言反对者，固为彼所深仇，即与之周旋，亦是佯为结好；无非启我阋墙之争，收彼渔人之利，始以北方攻北方，继以南方攻北方，终至于灭国亡种而后快。王汝贤为虎作伥，饮鸩而甘，抚今追昔，能无愤慨，湘省之事，非无收拾之法，我不忍使北方攻北方，以自抉藩篱，落彼陷井也。王汝贤等不明大义，原不足惜，我不忍以王汝贤之故，致今同室操戈，嫌怨日积，实力一破，团结无方，影响及于国家也。我北方军人分裂，即中国分裂之先声，我北方实力消亡，即中国消亡之朕兆。祺瑞爱国家，不计权力，久荷诸君子深知，为国家计，当先为北方实力计，舍祺瑞辞职之外，别无可以保全之法，决计远引，已于昨日呈中乞休，既非负气而去，又非畏难苟安，大势所趋，宜观久远，倘能达我愚诚，北方实力得以巩固，艰难时局，得以挽回，则祺瑞今日之辞职，实为万不可缓之举。……自北以往，伏愿诸君子……时时以北方实力，即国家实力为念，团结坚固，勿堕彼辈阴谋之中，以维持国家于不敝，此祺瑞鳃鳃愚衷所祷祈以求者也。临别之赠，幸审存之。段祺瑞。铣印。”
　　段认为北洋军阀是中国正统的势力，因此没有北洋军阀便无中国。他说“北方军人，宗旨正大，”忘记了他自己教唆督军团造反以谋恢复自己的势力，便是极不正大的行为；他的责备直系军人不应该“启阅墙之争”，使西南“收渔人之利”，忘记了他自己的假对外以制内，便是“阅墙”，日本便是“渔人”；他说西南“始以北方攻北方，继以南方攻北方，终至于灭国亡种而后快”。忘记了他自己始以西南攻西南，继以北方攻西南。他诋毁西南用离间计来破坏北洋团体，其实北洋自己利害斗争，自行分裂何待离间。他一面责备王汝贤，一面仍想把北洋军阀团结成一个势力，作撑持中国的台柱。可是这根台柱，已经成了破朽的废料，难以修补了。
　　段的密电发出后，徐树铮另发一密电，要求皖系各军阀复电拥护段。冯国璋于是也发出一通密电，原文如下：
　　“国事濒危，人心浮动，一隅生隙，全国动摇。兹将数日经历情形，暨失机可惜之点，通告于后：自复辟打消，共和再造，军人实为功首，此后军人团体，即为全国之中心点，生死存亡，有莫大之关系，此不但本国人所共和，亦外交团所共认。此次政府成立，所行政策，以改良民国根本大法为宗旨，故不急召集新国会，而为先设参议院之举，在法律上虽微有不同，而用心实无私意存于其内。西南二三省，起而反对，无理要求，中央屡为迁就，愈就愈远，不得已而用兵，只为达到宗旨而已，初非有武力压迫之野心也。兵事既起，胜负虽未大分，而川事则中央颇为得手，黔、滇在川之兵，不日可期退出川界。广东方面，陆、陈、谭虽有援湘之兵，因龙、李、莫倾向中央，暗中牵制，以是不能大举。是时也，湖南战事，我北军将士，稍为振奋，保持固有之势力，中央即可达完善之结果。不意我北军九死一生，最有名誉之健儿，误听人言，壮志消沮，虽系一部分之自弃，而掣动新胜，暨相持未败之众，于是合谋罢战，要求长官，通电乞和，不顾羞耻，虽曰其中有不得已之苦衷，而中央完全将成之计划，尽行打消矣。诸君闻之，能不惜哉！能不痛哉！特是通电求和，主持人道，欲达宗旨，亦必能战而后能和。假如占住势力，战胜一步，宣布调停，再进一程，征求同意，为中央留余地，保政府之威严，吾辈军人之名誉大张，国家人民之幸福是赖，乐何如之。乃不出此而为摇尾乞求，纵达到和平目的，我军人面皮丧尽矣。国璋亦军人之一分子也，如此行为，万无下场余地，不为羞死，亦将气死。诸君皆爱国丈夫，有何高见，如何挽救，能否贾勇救国，振奋部下士卒精神，筹兵筹饷，以谋胜利，则大错虽已铸成，尚可同心补救。国璋代行权位，惶愧奚如！国之不存，身将焉附？如有同心，国璋愿自督一旅，亲身督战，先我士卒，以雪此羞。宣布事实，渴望答复！”
　　11月18日，直系四督直隶督军曹锟、湖北督军王占元、江苏督军李纯、江西督军陈光远发表联名巧电，主张停战。长江三督忽然变成直系四督，声势大震，对段来说可算是制命之伤。直系四督通电如下：
　　“慨自政变发生，共和复活，当百政待理之际，忽起操戈同室之争，溯阙原因，固由各方政见参差，情形隔阂，以致初生龃龉，继积猜嫌，亦由二三私利之徒，意在窃社凭城，道乃乘机构衅，而党派争树，因得以利用之术，为挑拔之谋，逞攘夺之野心，泄报复之私忿。名为政见，实为意见，名为救国，实乃祸国，于是阋墙煮豆，一发难收。锟等数月以来，中夜彷徨，焦思达旦，窃虑覆亡无日，破卵同悲，热血填膺，忧痛并集。盖我国外交地位，无可讳言，欧战将终，我祸方始，及今补救，尚恐后时。至财政困难，尤达极点，鸩酒止渴，漏脯疗饥，比于自戕，奚堪终日？东北灾浸，西南兵争，人民流离，商业停滞，凡诸险状，更仆难志。大厦将倾，而内哄不已，亡在眉睫，而罔肯牺牲，每一思维，不寒而栗，中心愤激，无泪可挥。夫兵犹火也，不戢自焚矣，如项城覆辙可鉴，矧同种相残，宁足为勇？鹬蚌相持，庸足为智？即使累战克捷，已足腾笑临邦，若复两败俱伤，势且同归于尽。今者北倚湘而湘不可倚，南图蜀而蜀未可图，仁人君子，忍复骗父老兄弟于冰天雪地枪休弹雨之中？且战局延长一日，即多伤一日元气，展伸一处，即多贻一处痛苦，公等诚心卫国，伟略匡时，其于利害祸福所关，固已洞若观火。况争点起于政治，悲悯本有同情。锟等不才，抱宁人息事之心，存排难解纷之志，奔走啼泣，惨切叫号，而诚信未孚，终鲜寸效，俯仰愧怍，无地自容，谁希望之殷，始终未懈。故自政争以来，默察真正之民意，仰体元首不忍人之心，委曲求全，千回百折，必求达于和平目的，以拯国家之危难，而固统一之宏基。区区愚忱，当邀共谅。现在时势危迫，万难再缓，不得不重申前说，为四百兆人民，请命于公等之前。伏愿念亡国之惨哀，生灵之痛苦，即日先行停战，各守区域，毋再冲突，俾得熟商大计，迅释纠纷。鲁仲连之职，锟等愿担任之。更祈开诚布公，披示一切，既属家人骨肉，但以国家为前提，无事不可相商，无事不能解决。若彼此之隐，未克尽宣，则和平之局，讵复可冀？公等位望，中外具瞻，舆论一时，信史万世，是非功过，自有专归，而旋乾转坤，亦唯公等是赖，反手之间，利害立判，举足之际，轻重攸分，救国救民，千钧一发。临电迫切，不知所云”。
　　就在这个通电发出的时间，段祺瑞奉命免兼陆军总长，遗缺由王士珍继任。
　　曹锟虽是直系，以前并未加入长江三督的主和集团，且一向与皖系保持良好关系，被称为直、皖二系的两栖督军，因此当时颇有举足轻重之势。直、皖两系都极力拉拢曹锟，他则一直不作左右袒，他当时在北洋派中实力最大，又是清朝时的北洋大臣地位，他的一举一动，对北京都有严重影响。
　　曹锟本在直、皖两系明争暗斗中保持中立，忽然联合直系的长江三督要求停止南北战争，对段来说是个无比的打击，因此皖系的人拼命向曹拉拢，段的红人徐树铮曾跑到天津来游说曹，要曹站在皖系这一方面，将来皖系在召集新国会选副总统时，就选曹为副总统。他对曹说：长江三督以李纯为首，南北和平如果实现，主和派的李纯必然政治地位提高，曹锟必无所得。徐树铮这些话很有力量，曹当然知道将来的新国会必然是皖系控制，此时帮皖系，皖系选他为副总统决无问题。同时黎元洪和冯国璋都是由副总统而扶正的，因此徐的说词打动了曹。21日，曹锟自天津在长途电话中向段表白，说巧电未经本人同意，本人未参加任何行动。他这个电话，使段大感轻松。
　　关于曹锟究竟有没有参加列名巧电，这也是政治上的一个微妙事件，原来李纯曾向曹锟要求，大家联合提出一个促进南北和平的电报，曹锟的答复不置可否。李纯便认为曹是默认了，乃自南京把巧电发出，以曹锟领衔，曹锟看到巧电过于严重，又怕与段结怨太深，于是予以否认，这一来，直系拉拢曹锟便弄巧成拙了。
　　于是曹锟在徐树铮导演下，在21日单独发表马电：主张以南军退出长沙为南北议和的条件。表面上好像仍是主和，或是主战、主和中间的折衷方案，实际上对南军是不利的。
　　曹锟马电发表前后，皖系军阀如：安徽督军倪嗣冲，奉天巡阅使张作霖，浙江督军杨善德乃其他军阀：卢永祥、张怀芝、张敬尧、李厚基等纷纷响应段的号召，主张继续对南方作战，一时主战派声势大振。
　　皖系叫战，直系叫和，双方遂在这一论争上大作文章。皖系说：能战始能言和，应该以战迫和。直系说：和以示诚意，以和为手段，如果不能达到目的，再战才能气壮。其实主和派是对付段，主战派则是对付冯。并不是真的要和，或是要战。
　　北洋派在袁称帝时已经分裂，不过那时的分裂，只是对袁，也可说是袁的众叛亲离。到了张勋复辟后，北洋派的分裂才告表面化，张勋复辟，段祺瑞誓师讨伐还不是真正分裂，到了直系、皖系各走极端时，才是北洋派的正式分裂。
　　对冯国璋来说，自袁世凯死后就开始做新华宫的美梦，然而当他如愿已偿时，才逐渐地体会到辉煌壮丽的公府和大总统这个头衔，并不是理想中的人间仙境，他所身受的痛苦，正是过去黎所受的。他和黎一样，都是段内阁的盖印机器。
　　当他在11月20日批准段的智囊徐树铮辞去陆军部次长时，徐却在天津搞风搞雨，把曹锟从直系四督巧电中拉出来否认。而张作霖组织所谓的秦、晋、皖、奉大联盟，据说也是徐树铮的策划，这个督军大联盟，好像又是督军团再版。
　　同时，据说日本公使来见冯，放出威胁口吻，他说：“中国局势正面临极大困难，内阁不可更动，一更动必定有大乱子”。
　　然而冯仍下决心要罢免段，他难于物色总理，于是去找王士珍，苦口婆心地求王顾念多年交情，勉强出山，王士珍仍然和黎请他时一样态度，怎么说也不肯就，他说得更委婉，他说和段也是几十年交情，怎肯卖友？他不止是不肯接受总理职位，连陆军总长一职也称病不肯就职。
　　冯国璋在无可奈何中，又去找熊希龄、田文烈、陆徵祥等，这些人当然也都拒绝，因为他们都知道这是一个短命总理，何苦在冯、段中间做夹心饼干。
　　一切都是黎元洪时代的翻版，黎当时找到了老气横秋的伍廷芳，才免了段的总理，冯最后找到了病恹恹的汪大燮，汪经不了冯的苦求，便在病塌上提出一个古怪的条件：只做几天总理，只签署两个公文。冯也是想找一个过渡，只要有人过渡，冯就可再请王士珍，于是冯答应了汪的条件。
　　段当然知道冯的情况，所以亲赴总统府面请辞职，冯假意请段荐贤，段就推荐了汪大燮，并愿亲往劝驾。11月22日，冯下令准段辞职，派汪大燮代理国务总理，汪在病塌副署，另再签署了一纸空白命令，请冯把继任总理的名字填在上面。
　　23日冯通电解释准段辞职经过说：
　　“以总理关系民国之重，鄙人与总理相知之深，断不忍听其恝然高蹈。但总理坚欲息肩，自商汪总长代理总理，不得已于二十二日准免本职。此后内阁改组，仍盼段公举其所知，俾国璋得收指臂之效。段总理虽暂去职，而国璋倚重之殷，与段公扶持之雅，不异曩昔。”
　　冯国璋既然免了段祺瑞的总理职务，就想乘机完成总统的大权独揽，因此第一步是恢复袁世凯时代的大元帅统率办事处，不过把名目稍微改一下，称为军事办公处，这个机构在黎元洪时代称为军事幕僚处。黎有心无力，没有完成这个计划，而冯也无法实现，因为皖系军人纷纷通电反对，所以军事办公处的招牌只挂了两天，就取了下来，仍然恢复军事处老招牌。
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