北洋系军人正在酝酿团结求存的时候，北京城内总统、总理在国会之间却闹得非常激烈，这当然更让各省军阀有了借口。民国5年12月27日，以冯国璋为首的全国廿二行省、三个特别行政区的军民长官，对总统、总理和国会发出了一个“掬诚忠告”的长电。电略云：
　　“此次国体再奠，天下望治更切，以为元首恭已，总揆得人，议会重开，必能立定国是，计日成功。乃半岁以来，事仍未理而争益甚，近日浮言胥动，尤有不可终日之势。国璋守土待罪，忧惶无措，往复商榷，发为危言，幸垂察之……（下面是规劝黎）我大总统谦德仁风，中外所钦。……然而功效不彰，实惠未至，虽有德意，无救倒悬。推原其故，在乎政务之不振；政务之不振，在乎信任之不专……今后政客更有飞短流长为府院间者，愿我大总统、我总理立予屏斥。……任贤勿贰，去邪勿疑，然后我大总统可责总理以实效，总理乃无可辞其责。有虚已之量，务见以诚，有负责之名，务征其实。……（以下规劝段）我总理清正沉毅，得此倚畀，当可一心一德，竟厥所施。自内阁更迭之说起，国璋等屡有函电，竭力拥戴，一则虑继任乏人，益生纷扰，陷于无政府；一则深信我总理之德量威望，若竟其用，必能为国宣劳。……目前所急待设施者，军政、财政、外交诸大端，皆早定计划，循序实行。……近如中行兑现，实轻率急功，致陷穷境。……阁员必有一贯之主张，取钧衡于总理，勿以一部所主管，或迁就乎阁员。阁员苟有苦衷，不妨开示，公是公非，当可主持，孰轻孰重，尤当量衡。……（以下规劝国会）此次两院恢复之初，原出一时权宜之计。不意国会开会以来，纷呶争竞，较胜于前，既无成绩可言，更绝进行之望。近则越侵司法，干涉行政，复议之案，不依法定人数，擅行表决，于是国民信仰之心，为之尽坠。……盖必自立于守法之地，而后乃能立法，设循此不改，越法侵权，陷国家于危亡之地，窃恐天下之人忍无可忍，决不能再为曲谅矣……。”
　　这个电报是梁启超——当时研究系的首领，为了维持段内阁，怂恿冯国璋联合各省发出的，西南各省军民长官也随口附和。这个电报对国会的指责最尖锐，对总统的威信也有影响。此后，北方各督军纷纷以个人名义发表拥护内阁和辱骂国会的通电。这一来，却让在徐州自封为各省军阀大盟主的张勋为之大不愉快，因为他自以为应该是代表各省军阀发言的人，如今好戏却让别人唱了，实在太失面子。因此他也联合了一些军阀，发出一个请求北京政府罢免国民党系三总长（财政总长陈锦涛、司法总长张耀曾、农商总长谷钟秀）的电报。
　　北京城内，黎、段的纷争继续扩大，前已叙述了许多院府不和，黎、段恶化的事件，但那些都是内政方面，现在增加了外交方面，是对日问题。
　　5年10月，日本大隈内阁倒台，继任首相是寺内，寺内高唱日“支”亲善，日本外相后藤邀晤中国公使章宗祥密谈，希望中国派一个亲善使节到日本进行关于解决中日悬案的谈判，日本且愿借款支持中国政府。日本希望中国政府先派亲日的曹汝霖为秘使前来日本，把一切条件谈妥，然后再派一个亲日色彩并不浓的大员，如徐世昌之流，以正式使节出面来签订这个协定。章宗祥把这消息告诉了曹汝霖，曹本应列入帝制祸首名单内，由于日本公使的庇护才得逍遥法外。他得到章宗祥的秘讯，乃向段进言，他提出“攘内”必先“安外”，必须借外援统一这个四分五裂的中国；所谓的外援，就是取得外国的政治借款和军火供应，有了这两项，就可以镇压国内的反对力量。曹又推论袁世凯的外交失败原因，是外交上采取了联英联美以制日的错误方针。日本近，英美远，远水不能救近火，英美忙于欧战，抽不出力量到东方来。中国向美国借款，或者亲近英美，首先就会受到日本政府的强力反对，而西方国家为了讨好日本，在紧要关头上也会牺牲中国，弱国不能采取“远交近攻，以夷制夷”的外交政策，而只能采取“近交善邻”的外交政策。段正苦于自己的政权不稳，财政上已经面临山穷水尽，对外借款波折重重；军事上他也不能控制南方，甚至不能控制北洋派；加上总统和国会又处处和他为难。所以他听了曹的这番话，自然大受迷惑。
　　徐世昌是个老狐狸，当然不会上当，所以他拒绝担任赴日特使的工作。5年11月26日，段根据曹的意见，以国务院的名义令章宗祥先与日本政府接洽，派曹汝霖为亲善特使。这件重大任命，段既未通过国务会议，也把总统蒙在鼓里，直到11月30日日本同意了，段才提出国务会议，可是他仍把问题的真相隐瞒着，只轻描淡写地把这件事说成是外交上的一种仪式，因为日本内阁改组而派使致意，阁员们果然被瞒过，12月1日段把拟好的命令：“派曹汝霖为特使以大勋位赠与日皇”送到总统府去盖印，并令曹亲自去谒黎说明一切。曹见到黎，也是一番官话，不料曹的话还没有说完，老好人的黎元洪竟陡然站起来，大声叱骂说：“好，你们要卖国，我黎元洪偏不让你们卖国。”曹汝霖碰了一个大钉子，垂头丧气地退了出来。
　　曹汝霖被黎元洪轰出来后，正巧新任国务院秘书长张国淦也来谒黎，黎余怒未息，见了张还悻悻地说：“好，你们集体卖国！”张如丈二金刚摸不着头脑，只好僵在一边，直到黎气平后，把经过告诉了张，张才知原委，乃向黎建议，把这个问题提交国会去解决。这时正是前内务总长孙洪伊下台后，国会中的韬园派议员提出了对段的弹劾案，以进一步倒阁，而拥段派议员也提案检举孙洪伊在内务总长任内有侵吞公款的嫌疑，以资抵制。属于梁启超、汤化龙一派的研究系议员虽然竭力维持段内阁，但也无济于事，参、众两院同时提出了关于派曹汝霖为赴日赠勋特使，事先未经国会同意的质问案。
　　12月5日，段亲自到参议院解释说：“曹汝霖现任参议员，既为国民代表之一，就不能指摘政府用人不当。曹汝霖精通日语，熟习外交仪节，日本政府已经表示欢迎，未便改派别人前往。”同一天，段派外交部参事伍朝枢代表他到众议院解释说：“十一月十八日，政府接到驻日公使章宗祥的报告，日本政府表示欢迎曹汝霖为赠勋特使，这个问题未便变更前议。”参、众两院对段的答复都不满意，众议院并立即作决定：关于派遣特使案，应于事前征求国会同意，否则不能予以承认。
　　黎元洪和国会只是就法理程序反对曹赴日，却不知道曹去日本是为了进行秘密外交，所以他们都不反对派特使到日本，而只反对派曹为特使。
　　由于这个原因，段乃改变方法，把派遣特使赴日授勋事弄假成真地作为一个外交礼节，12月13日北京政府下令：“派熊希龄前往日本呈递大勋位。”这道命令中并未给熊以特使名义，以避免又要征求国会方面的同意。可是这道命令发表后，又引起了日本的反对，本来在派熊命令发布前，已获得日本“没有反对熊”之意，不料命令发表后，日本外相本野忽又面告章宗祥说：“贵国政府拟派曹汝霖，我们已奏明天皇，我国舆论也一致表示欢迎。今又改派熊希龄，足见贵国政府的内部并不一致，今后人选可能随时会变，与我国舆论也不一致，请熊先生展期来日。”这是日本自拒绝周自齐后又一次拒绝接待中国特使。日方非正式透露他们反对熊的理由，是说熊曾在民国2年7月通电揭露日本分割中国的阴谋，因此不适当充任这个使节。
　　这件事拖到民国6年2月27日，日本政府同意中国改派汪大燮赴日赠勋，才告一段落。
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